Muzeu Dioqezan lind nga nevoja për të mbledhur, për të ruajtur dhe për ta bërë të disponueshme trashëgiminë historike në lidhje me fenë dhe kulturën e popullit shqiptar, që i referohet në mënyrë të veçantë zonës territoriale që bën pjesë në Arqidioqezën Shkodër-Pult.